A nivel de cifrado son iguales, es decir, cuentan con el mismo nivel de encriptación de >256 bits. La principal diferencia entre ellos se encuentra en la validación que hacen las entidades certificadoras de SSL de pago antes de emitir el certificado y que Let's Encrypt hace de forma automática sin comprobar ningún dato.
Además, aunque los certificados Let's Encrypt son compatibles con la mayoría de los navegadores modernos, pueden presentar incompatibilidades con versiones antiguas de navegadores o sistemas operativos. Asimismo, en caso de que sucediera algún problema en relación al SSL, con un certificado de pago dispones de soporte técnico; con un Let's Encrypt tendrás que recurrir a la documentación oficial y esperar la respuesta de la comunidad open source.
Todos los certificados de pago cuentan con garantía por si el cifrado se rompiera, algo que no ocurre con los Let's Encrypt. Igualmente, con un certificado de pago puedes añadir en tu web el sello de validación de la entidad certificadora, en nuestro caso Sectigo, mientras que con un SSL gratuito no tienes esta posibilidad.